Космический линкор Ямато

В 2199 году Землю обрушивает нашествие Империи Гамилус, возглавляемой безжалостным Лордом Деслером. В погоне за завоеванием, инопланетяне используют радиоактивные астероиды, превращая поверхность планеты в мертвую зону, непригодную для жизни людей. В результате человечество вынуждено укрыться под землей, но даже там радиация продолжает угрожать их существованию.

Тем временем, на Марсе терпит крушение корабль иной цивилизации. Сусуму Кодай и Дайсукэ Сима обнаруживают на борту погибшую девушку с посланием от правительницы Искандера. В послании содержится предложение о помощи в борьбе с Гамилусом и инструкция по созданию мощного двигателя, чтобы добраться до планеты Искандер, где находится устройство, способное очистить Землю от радиоактивного заражения.

Главные герои находят затонувший корабль Ямато и модернизируют его, чтобы отправиться в космическое путешествие под командованием капитана Дзюдзо Окиты. У экипажа Ямато есть всего год, чтобы достичь Искандера и спасти человечество от неминуемого уничтожения.