Лиричная волшебница Наноха

История повествует о Нанохе Такамачи, юной девочке-младшекласснице, которая живет обычной жизнью вместе со своими родителями, старшим братом и сестрой. Однажды её повседневный уклад кардинально меняется, когда она спасает раненого говорящего горностая по имени Юно Скрая. Оказывается, Юно - маг и археолог из параллельной вселенной, который прибыл на Землю с миссией собрать опасные артефакты под названием "Драгоценные Семена".

Эти древние артефакты обладают способностью наделять живые существа сверхъестественными силами, часто превращая их в монстров. Юно, раненный одним из таких монстров, вынужден полагаться на помощь Нанохи, которая во время его выздоровления в форме горностая получает волшебную палочку "Raising Heart". Неожиданно для обоих, Наноха демонстрирует выдающиеся магические способности.

Так начинается их совместное приключение по борьбе с монстрами и сбору Драгоценных Семян. Однако они не знают, что не одни охотятся за этими могущественными артефактами, и их миссия становится все более опасной и сложной.