Синдзи Икари, юный пилот, прошёл через множество опасных битв, быстро освоив управление гигантским роботом "Евангелион" для защиты человечества от монстров, разрушающих города. Вместе с друзьями Аской и Рэй, он противостоял "Ангелам", опасным созданиям, угрожающим всему живому.
После успешного завершения парижской операции воздушным флотом организации WILLE, которая отбила атаку беспилотников и восстановила купол, стало возможным получить новые запчасти для "Евангелионов". Это позволило человечеству восстановиться и продолжить борьбу за своё существование.
Несмотря на тяжёлые потери, включая смерть Каору, Синдзи, Рэй и Аска отправляются в Третью деревню, один из ключевых опорных пунктов людей на Земле. Впереди их ждут новые испытания, где на кону стоит не только судьба человечества, но и планеты в целом. Борьба за выживание продолжается, и "Евангелионы" готовы к новым миссиям.